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<!DOCTYPE html>

<title>Classification phylogénétique</title>

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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading">Classification phylogénétique</h1>

</header>

</div>

<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="fr" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="fr" dir="ltr">La classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de <a href="Classification_scientifique_des_esp%C3%A8ces" title="Classification scientifique des espèces">classification</a> des êtres vivants qui repose sur leur <a href="Phylog%C3%A9nie" title="Phylogénie">phylogénie</a>. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de <a href="Taxonomie" title="Taxonomie">taxonomie</a> dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme<a href="#cite_note-1">[1]</a>,<a href="#cite_note-Tassy-2">[2]</a>,<a href="#cite_note-3">[3]</a>. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les <a href="Taxon" title="Taxon">taxons</a>, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de <a href="Groupe_fr%C3%A8re" title="Groupe frère">groupes frères</a> et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur <a href="Rang_taxonomique" title="Rang taxonomique">rang taxonomique</a>. Elle ne reconnaît que des groupes <a href="Monophylie" title="Monophylie">monophylétiques</a> (<a href="Clade" title="Clade">clades</a>, groupes qui contiennent tous les descendants de leur <a href="Dernier_anc%C3%AAtre_commun" title="Dernier ancêtre commun">dernier ancêtre commun</a><a href="#cite_note-Aubert2017-4">[4]</a>,<a href="#cite_note-Hennig1966-5">[5]</a>) comme les <a href="Mammif%C3%A8re" title="Mammifère">mammifères</a> et les <a href="Oiseau" title="Oiseau">oiseaux</a> et ne reconnaît pas les groupes <a href="Paraphyl%C3%A9tique" class="mw-redirect" title="Paraphylétique">paraphylétiques</a> comme les <a href="Reptile" class="mw-redirect" title="Reptile">reptiles</a> ou les <a href="Poisson" title="Poisson">poissons</a> (qui ne contiennent pas tous les descendants de leur <a href="Dernier_anc%C3%AAtre_commun" title="Dernier ancêtre commun">dernier ancêtre commun</a>), contrairement à la <a href="Syst%C3%A9matique_%C3%A9volutionniste" title="Systématique évolutionniste">systématique évolutionniste</a><a href="#cite_note-aubert2016-6">[6]</a>. Aujourd'hui, le cladisme est l'école de pensée dominante (mais non consensuelle) dans le domaine <a href="Acad%C3%A9mie" title="Académie">académique</a><a href="#cite_note-7">[7]</a> et la classification phylogénétique a remplacé en grande partie les <a href="Classification_classique" title="Classification classique">classifications traditionnelles</a> dans la plupart des milieux scientifiques et <a href="Universit%C3%A9" title="Université">universitaires</a><a href="#cite_note-8">[8]</a>, ainsi que dans l'<a href="Syst%C3%A8me_%C3%A9ducatif_en_France" title="Système éducatif en France">enseignement secondaire en France</a><a href="#cite_note-9">[9]</a>, et même dans l'<a href="%C3%89cole_%C3%A9l%C3%A9mentaire_en_France" title="École élémentaire en France">enseignement primaire</a><a href="#cite_note-10">[10]</a>.

Cette classification est principalement fondée sur l'analyse <a href="Cladistique" title="Cladistique">cladistique</a>, une méthode de reconstruction phylogénétique formalisée en 1950 par <a href="Willi_Hennig" title="Willi Hennig">Willi Hennig</a><a href="#cite_note-11">[11]</a>, publiée en <a href="Allemagne" title="Allemagne">Allemagne</a>. La traduction <a href="Anglais" title="Anglais">anglaise</a> de son livre ayant été publiée en <a href="1966" title="1966">1966</a><a href="#cite_note-Hennig1966-5">[5]</a>, celle <a href="Espagnol" title="Espagnol">espagnole</a> en 1968<a href="#cite_note-pj1997-12">[12]</a>, Hennig trouva un plus large auditoire. Cette méthode révolutionna ainsi toute la <a href="Syst%C3%A9matique" title="Systématique">systématique</a> à partir de la fin des <a href="Ann%C3%A9es_1960" title="Années 1960">années 1960</a>. En 1974, la classification cladistique fait l'objet d'un débat entre <a href="Ernst_Mayr" title="Ernst Mayr">Ernst Mayr</a> (1904-2005) et <a href="Willi_Hennig" title="Willi Hennig">Willi Hennig</a> (1913-1976) qui a marqué les relations entre phylogénéticiens évolutionnistes et cladistes<a href="#cite_note-13">[13]</a>,<a href="#cite_note-14">[14]</a>,<a href="#cite_note-15">[15]</a>. La cladistique est vulgarisée en français en 1980, conduisant à la diffusion des bases de la classification cladistique hors des milieux académiques<a href="#cite_note-16">[16]</a>,<a href="#cite_note-17">[17]</a>. L'analyse cladistique qui sert de base à l'établissement de cette classification considère les <a href="Caract%C3%A8re_ph%C3%A9notypique" title="Caractère phénotypique">caractères</a> à toutes les échelles à valeur égale[réf. nécessaire] : les caractères macroscopiques et microscopiques issus de l'<a href="Anatomie_compar%C3%A9e" title="Anatomie comparée">anatomie comparée</a> et de l'<a href="Embryologie" title="Embryologie">embryologie</a>, les caractères moléculaires<a href="#cite_note-18">[18]</a> issus de la <a href="Biochimie" title="Biochimie">biochimie</a> et de la <a href="Biologie_mol%C3%A9culaire" title="Biologie moléculaire">biologie moléculaire</a>, ainsi que les données apportées par la <a href="Pal%C3%A9ontologie" title="Paléontologie">paléontologie</a>. Le cladisme désigne une école de pensée et a donc un sens plus large que l'analyse cladistique (ou méthodes cladistiques), celle-ci étant également utilisée par des systématiciens issus des autres écoles de taxonomie comme l'<a href="Syst%C3%A9matique_%C3%A9volutionniste" title="Systématique évolutionniste">évolutionnisme</a><a href="#cite_note-Tassy-2">[2]</a>.

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Principes">Principes</h2></div>

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Critiques_des_classifications_traditionnelles">Critiques des classifications traditionnelles</h3></div>

Les <a href="Classification_classique" title="Classification classique">classifications traditionnelles</a> n'ont pas toujours eu pour objectif de retracer la parenté et l'évolution des espèces. Il existait des classifications scientifiques dans un contexte pré-évolutionniste<a href="#cite_note-19">[19]</a>. Or, selon cette classification, on peut être amené à penser qu'un poisson sera toujours plus proche d'un autre poisson que d'une autre espèce non poisson. Cela n'est en fait pas toujours vrai. En effet, les poissons sont caractérisés par des écailles et des nageoires. Or les humains partagent avec certaines espèces de poissons, comme les <a href="Coelacanthiformes" title="Coelacanthiformes">Cœlacanthes</a>, un autre caractère : le membre charnu et non rayonné. Ce dernier caractère n'est pas présent chez la truite par exemple. Le cœlacanthe est-il plus proche de l'humain ou de la truite ? Faut-il utiliser pour établir la parenté la plus étroite, le membre charnu ou la présence de nageoires ?

Les études évolutives ont montré que certains caractères ont évolué pour se transformer. C'est le cas de la nageoire des poissons qui s'est transformée en <a href="Membre_chiridien" title="Membre chiridien">membre marcheur</a> chez les <a href="Tetrapoda" title="Tetrapoda">tétrapodes</a>, comme les humains. La classification classique, en utilisant le caractère « nageoire », exclut les humains du groupe qui présente des nageoires, alors que ce caractère est présent mais sous une forme évoluée. C'est la même chose si on utilise des caractères ancestraux tels que la présence d'écailles (qui ont disparu chez certaines espèces) ou la forme <a href="Dynamique_des_fluides" title="Dynamique des fluides">hydrodynamique</a> du corps. En utilisant les caractères les plus visibles, la classification classique ne permet pas d'estimer correctement les degrés de parenté entre espèces. Cette classification est toutefois utile aux reconnaissances d'espèces par des <a href="Cl%C3%A9_de_d%C3%A9termination" title="Clé de détermination">clés de détermination</a>, ou pour la gestion de collections biologiques.

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Organisation_en_clades">Organisation en clades</h3></div>

Chaque groupe ou <a href="Clade" title="Clade">clade</a> doit répondre à une même définition : un clade comprend tous les descendants d'un ancêtre et l'ancêtre lui-même. On parle aussi de <a href="Monophylie" title="Monophylie">groupe monophylétique</a>. Ainsi, des espèces d'un même clade seront toujours plus proches entre elles que d'une autre espèce extérieure à ce clade. Ce n'est pas le cas avec certains groupes de la classification classique, comme les poissons, qui ne forment pas un clade.

Certains groupes, comme les mammifères, présents dans la classification classique, constituent bien des clades ; ces groupes ont été conservés dans la classification phylogénétique. Les représentants d'un clade présentent au moins un <a href="Caract%C3%A8re_ancestral_et_caract%C3%A8re_d%C3%A9riv%C3%A9" title="Caractère ancestral et caractère dérivé">caractère dérivé</a> propre à tout le groupe, comme la présence de mamelles pour les mammifères. Ce n'est pas le cas des poissons, des reptiles, qui présentent des caractères ancestraux, et des <a href="Caract%C3%A8re_ancestral_et_caract%C3%A8re_d%C3%A9riv%C3%A9" title="Caractère ancestral et caractère dérivé">caractères dérivés</a> (évolués), mais qui ne leur sont pas exclusifs (exemple : la présence de <a href="Doigt" title="Doigt">doigts</a> pour les reptiles). Un caractère dérivé a été hérité d'un même ancêtre commun.

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Méthodes">Méthodes</h2></div>

La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables et même les pertes secondaires de caractère, pertes secondaires que l'<a href="Embryologie" title="Embryologie">embryologie</a>, par exemple, peut mettre en lumière. Les caractères vont de ce qui est visible (anatomie et morphologie, fondement de la classification traditionnelle) jusqu'aux <a href="S%C3%A9quence_(acide_nucl%C3%A9ique)" title="Séquence (acide nucléique)">séquences</a> d'<a href="Acide_d%C3%A9soxyribonucl%C3%A9ique" title="Acide désoxyribonucléique">ADN</a> et d'<a href="Acide_ribonucl%C3%A9ique" title="Acide ribonucléique">ARN</a>, en passant par les <a href="Prot%C3%A9ine" title="Protéine">protéines</a> et les données de la <a href="Pal%C3%A9ontologie" title="Paléontologie">paléontologie</a>. Le séquençage de certaines parties du <a href="G%C3%A9nome" title="Génome">génome</a>, comme le <a href="G%C3%A9nome_mitochondrial" title="Génome mitochondrial">génome mitochondrial</a> ou l'<a href="Acide_ribonucl%C3%A9ique_ribosomique" title="Acide ribonucléique ribosomique">ARN ribosomique</a> a permis, dans les dernières années, de faire des progrès importants dans la classification et de résoudre maints problèmes séculaires<a href="#cite_note-20">[20]</a>.

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Cladistique_morphologique">Cladistique morphologique</h3></div>

Oiseaux et mammifères sont donc définis selon leurs propres <a href="Synapomorphie" title="Synapomorphie">synapomorphies</a>. Comme la construction de la classification se fait en subordonnant les taxons les uns aux autres, il en résulte une organisation en forme d'arbre, où le vivant dans son ensemble est représenté par le tronc de l'arbre. Le tronc se divise en branches subdivisées en d'autres branches. Chacune de ces branches, appelées « <a href="Clade" title="Clade">clades</a> » (du <a href="Grec_ancien" title="Grec ancien">grec</a> κλάδος, klados, « branche »), est un <a href="Taxon" title="Taxon">taxon</a> disposant d'au moins une synapomorphie qui le caractérise et qui le rend valable au sein de la classification. Les points d'où bourgeonnent les branches les unes à partir des autres, les « nœuds », représentent les ancêtres de chaque groupe.

L'expression graphique d'un clade ou ensemble de clades est un <a href="Cladistique" title="Cladistique">cladogramme</a>.

Les cladogrammes, qui constituent le grand cladogramme qu'est l'arbre phylogénétique, du fait du nombre gigantesque de caractères et d'espèces pris en compte, font appel à des <a href="Algorithme" title="Algorithme">algorithmes</a> complexes exécutés par des logiciels spécialisés. Des algorithmes différents peuvent donner des résultats différents. Dans ce cas, celui qui répondra le plus au critère de <a href="Parcimonie" title="Parcimonie">parcimonie</a> sera retenu (de tous les arbres possibles, de tous les cladogrammes possibles, le plus parcimonieux est celui qui demande le moins de transformations de caractères). L'arbre phylogénétique est, en effet, un ensemble de points de branchements, de niveaux. Chaque niveau étant assimilé à un nœud, les nœuds sont obligatoirement un organisme théorique qui posséderait les synapomorphies partagées par les nœuds postérieurs dans le cladogramme. Si un nouvel organisme (fossile ou vivant) est découvert, possédant ou pas ces synapomorphies ou en possédant d'autres, un nouvel arbre doit être construit. À terme, si l'arbre restitue la totalité des relations connues de parenté, tous les branchements devraient être binaires.

Le sens des dichotomies n'a rien à voir avec la sexualité (comme l'expression des mariages dans un arbre généalogique) ni avec des spéciations binaires (une ou deux espèces évoluant à partir d'une autre), car l'arbre n'est pas une <a href="G%C3%A9n%C3%A9alogie" title="Généalogie">généalogie</a> (« qui descend de qui ») mais reflète uniquement un <a href="Pouvoir_explicatif" title="Pouvoir explicatif">pouvoir explicatif</a> maximal de l'arbre : un arbre totalement dichotomique réussit à restituer uniquement toutes les relations de parenté (« qui est plus proche de qui ») au sein d'un groupe d'organismes soumis à la méthode. La classification actuelle est continuellement remaniée en fonction de nouvelles informations<a href="#cite_note-Treebase-21">[21]</a>, mais les exemples de classification peuvent toujours avoir à être modifiés car ils dépendent constamment de l'arrivée de nouvelles données empiriques. Par exemple, selon la classification de <a href="Guillaume_Lecointre" title="Guillaume Lecointre">Lecointre</a> et <a href="Herv%C3%A9_Le_Guyader" title="Hervé Le Guyader">Le Guyader</a>, la première division de l'ensemble du vivant est pour l'instant réduite à trois clades :

<ol><li><a href="Archaea" title="Archaea">Archées</a> ;</li>

<li><a href="Eubacteria" title="Eubacteria">Bactéries</a> ;</li>

<li><a href="Eukaryota" title="Eukaryota">Eucaryotes</a>.</li></ol>

Savoir lesquels de ces trois groupes partagent un ancêtre commun qui les distingue du troisième est un sujet de recherche, comme ce l'est d'ailleurs avec tous les taxons non binaires (les « arbres non enracinés », ceux que la recherche n'a pas encore pu diviser en deux taxons de base). Certains chercheurs ont déjà proposé leur propre cladogramme, faisant de deux de ces trois clades un ensemble de deux <a href="Groupe_fr%C3%A8re" title="Groupe frère">groupes frères</a>, ensemble qui serait à son tour le groupe frère du troisième. Par exemple, <a href="Colin_Tudge" title="Colin Tudge">Colin Tudge</a> a proposé un arbre enraciné où les archées et les eucaryotes sont un ensemble de deux groupes frères, ensemble qui, à son tour, est le groupe frère des eubactéries<a href="#cite_note-22">[22]</a>. La classification de Tudge n'est qu'un exemple car les chercheurs sont réellement divisés quant aux différentes positions prises à ce sujet.

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Phylogénétique_moléculaire">Phylogénétique moléculaire</h3></div>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Différences_avec_la_classification_traditionnelle">Différences avec la classification traditionnelle</h2></div>

L'approche phylogénétique bouleverse toutes les classifications l'ayant précédée, autant les classifications de biologies fixistes (comme celles développées par <a href="Carl_von_Linn%C3%A9" title="Carl von Linné">Carl von Linné</a> ou par <a href="Georges_Cuvier" title="Georges Cuvier">Georges Cuvier</a>) que celles qui suivirent <a href="Charles_Darwin" title="Charles Darwin">Darwin</a> et qui incluaient la <a href="S%C3%A9lection_naturelle" title="Sélection naturelle">sélection naturelle</a> comme cause de la <a href="Sp%C3%A9ciation" title="Spéciation">spéciation</a>. La classification de Linné reposait sur l'adage que toutes les <a href="Esp%C3%A8ce" title="Espèce">espèces</a> sont apparues en même temps et que celles-ci étaient fixes, alors que la classification phylogénétique illustre les principes d'évolution et de sélection naturelle. Les classifications post-darwiniennes avaient déjà inclus ces mêmes principes évolutifs mais en établissant leur critère de classification sur les rapports d'ancêtre à descendant (<a href="G%C3%A9n%C3%A9alogie" title="Généalogie">généalogie</a>) alors que la classification phylogénétique se base sur le critère de la plus proche parenté entre espèces (<a href="Phylog%C3%A9nie" title="Phylogénie">phylogénie</a>). L'arrivée de la théorie de l'évolution introduisit l'idée que les taxons ont évolué les uns à partir des autres mais elle ne modifia pas immédiatement les critères de classification, qui jusqu'à l'arrivée de la <a href="Cladistique" title="Cladistique">cladistique</a> proposée par Hennig restèrent essentiellement les mêmes que ceux du temps de Linné<a href="#cite_note-23">[23]</a>.

La classification phylogénétique ne validant que des groupes caractérisés par des caractères dérivés propres (les synapomorphies) ces groupes sont aussi dits <a href="Monophylie" title="Monophylie">monophylétiques</a>, c'est-à-dire d'une seule phylogénie, d'une seule filiation : celle d'un ancêtre et de tous ses descendants. Les classifications qui précédèrent la classification phylogénétique ne tenaient pas compte de la phylogénie mais uniquement d'éléments qui pouvaient parfaitement être contingents ou anthropocentriques (comme le comportement ou comme la privation de caractères humains<a href="#cite_note-LE_GUYADER_Hervé_page_13,_2-25">[25]</a>,<a href="#cite_note-LE_GUYADER_Hervé_page_17,_2-26">[26]</a>), même dans le cas des classifications qui acceptaient la théorie de l'évolution. La classification classique, que ce soit sous son ancienne forme fixiste (Linné, Cuvier) ou sous sa forme évolutionniste post-darwinienne, a ainsi formé des taxons qui, n'étant pas basés sur le principe d'un ancêtre et de tous ses descendants, sont appelés <a href="Paraphylie" title="Paraphylie">paraphylétiques</a> par la méthode cladistique. Les <a href="Reptile" class="mw-redirect" title="Reptile">reptiles</a> en sont un exemple connu. Le groupe d'animaux appelés « reptiles » partage les mêmes ancêtres que ces autres groupes qui étaient appelés « oiseaux » ou « mammifères » au sein de la même classification. Le critère de la <a href="Monophylie" title="Monophylie">monophylie</a> (un ancêtre et tous ses descendants) étant ainsi appliqué, le groupe des « reptiles » est identifié comme ne constituant pas un groupe naturel et il se voit donc invalidé comme critère de classification, alors que dans la langue quotidienne les serpents, les crocodiles, les tortues ou les iguanes sont encore regroupés comme des « reptiles ». Mais, aux yeux des méthodes et des découvertes modernes, ce mot n'a plus la valeur de taxon qu'il avait auparavant dans la classification classique<a href="#cite_note-27">[27]</a>.

Une autre différence avec la systématique classique est que la systématique <a href="Phylog%C3%A9nie" title="Phylogénie">phylogénétique</a> rejette toute catégorisation des niveaux hiérarchiques<a href="#cite_note-28">[28]</a>. Pour des raisons pratiques, l'<a href="Arbre_phylog%C3%A9n%C3%A9tique" title="Arbre phylogénétique">arbre phylogénétique</a> donne lui-même la hiérarchie que tentaient de fournir les anciennes catégories qu'étaient les <a href="Rang_taxonomique" title="Rang taxonomique">rangs taxinomiques</a> du système linnéen. Ce système exprimait l'idée anthropocentrique et non objective d'une échelle des êtres, une hiérarchie dans laquelle l'homme était le couronnement<a href="#cite_note-LE_GUYADER_Hervé_page_17,_2-26">[26]</a>, et ce autant dans le modèle fixiste créationniste que dans le modèle évolutionniste pré-phylogénétique. Au contraire, la classification phylogénétique offre une vision des êtres vivants qui n'attribue pas de prééminence à certains êtres vivants sur certains autres. L'évolution les a produits en leur donnant la propriété d'être tous adaptés à leur milieu, ce qui les rend égaux face à une tentative de les organiser selon un quelconque ordre hiérarchique qui soit basé sur le critère d'un jugement de valeur. La hiérarchie de la classification phylogénétique est strictement celle de l'emboîtement des taxons les uns à l'intérieur des autres. Les vers de terre ou les cafards ne sont donc pas inférieurs aux êtres humains du point de vue de la classification phylogénétique, ils occupent leur position dans l'arbre phylogénétique tout comme les humains occupent la leur. Les jugements de valeur <a href="Postulat" title="Postulat">postulant</a> une « supériorité » <a href="Ontologie_(philosophie)" title="Ontologie (philosophie)">ontologique</a> de l'espèce humaine par rapport aux autres espèces, ne font donc plus partie du domaine de l'<a href="Histoire_naturelle" title="Histoire naturelle">histoire naturelle</a>, mais des domaines intrinsèquement liés à une idée de <a href="Transcendance" title="Transcendance">transcendance</a>, comme la <a href="Religion" title="Religion">religion</a>, la <a href="M%C3%A9taphysique" title="Métaphysique">métaphysique</a>, la <a href="Philosophie" title="Philosophie">philosophie</a>, la <a href="Sociologie" title="Sociologie">sociologie</a>, la <a href="%C3%89thique_d%C3%A9ontologique" title="Éthique déontologique">déontologie</a>, la <a href="M%C3%A9decine" title="Médecine">médecine</a> ou la <a href="Politique" title="Politique">politique</a><a href="#cite_note-29">[29]</a>.

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Différences_remarquables">Différences remarquables</h3></div>

Quelques exemples de changements contre-intuitifs par rapport à la <a href="Classification_classique" title="Classification classique">classification traditionnelle</a> :

<ul><li>les <a href="Oiseau" title="Oiseau">oiseaux</a> sont des <a href="Dinosauria" title="Dinosauria">dinosaures</a>, car tous les ancêtres des dinosaures sont aussi des ancêtres des oiseaux<a href="#cite_note-30">[30]</a>,<a href="#cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_16,_2-31">[31]</a> ;</li>

<li>les plus proches parents vivants des <a href="Crocodile" title="Crocodile">crocodiles</a> sont les oiseaux<a href="#cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_16,_2-31">[31]</a> ;</li>

<li>le concept de « <a href="Reptile" class="mw-redirect" title="Reptile">reptile</a> » fut transitoirement abandonné en tant que groupe valide naturel par de nombreux auteurs, car il ne comprend pas tous les descendants d'un ancêtre unique, c'est un groupe <a href="Paraphylie" title="Paraphylie">paraphylétique</a><a href="#cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_16,_2-31">[31]</a>, mais le nom Reptilia fut ensuite redéfini pour inclure les oiseaux, ce qui le rend monophylétique<a href="#cite_note-32">[32]</a>,<a href="#cite_note-33">[33]</a> ;</li>

<li>le concept de « <a href="Poisson" title="Poisson">poisson</a> » est abandonné en tant que groupe valide, pour la même raison que celui des reptiles<a href="#cite_note-34">[34]</a> ;</li>

<li>les <a href="Osteichthyes" title="Osteichthyes">ostéichthyens</a> (anciennement les « poissons osseux ») incluent les mammifères, mais pas les <a href="Requin" title="Requin">requins</a><a href="#cite_note-35">[35]</a>,<a href="#cite_note-36">[36]</a> ;</li>

<li>les plus proches parents des <a href="Cetacea" title="Cetacea">cétacés</a> seraient les <a href="Hippopotamidae" title="Hippopotamidae">hippopotames</a><a href="#cite_note-37">[37]</a>. Le concept d'« <a href="Artiodactyla" title="Artiodactyla">artiodactyles</a> », ancien groupe incluant les hippopotames mais excluant les cétacés, est donc abandonné par certains auteurs, mais d'autres incluent simplement les cétacés parmi les artiodactyles (la solution conforme au principe de priorité en nomenclature biologique)<a href="#cite_note-38">[38]</a> ;</li>

<li>l'ancien groupe des « <a href="Algue" title="Algue">algues</a> » explose en tous sens, certaines étant groupées avec les <a href="Plante" title="Plante">plantes vertes</a>, d'autres avec les <a href="Bact%C3%A9rie" title="Bactérie">bactéries</a><a href="#cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_517,_2-39">[39]</a>,<a href="#cite_note-40">[40]</a> ;</li>

<li>le concept de « <a href="Protista" title="Protista">protiste</a> » est abandonné, au profit de groupes pouvant mélanger êtres multicellulaires et monocellulaires (par exemple, les <a href="Heterokonta" title="Heterokonta">straménopiles</a> regroupent les <a href="Algue" title="Algue">algues</a> brunes — dont le <a href="Kelp" title="Kelp">kelp</a>, jusqu'à 60 mètres de long — et les <a href="Bacillariophyta" title="Bacillariophyta">diatomées</a> unicellulaires)<a href="#cite_note-41">[41]</a>,<a href="#cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_517,_2-39">[39]</a>. ;</li>

<li>la division entre <a href="Prokaryota" title="Prokaryota">Procaryotes</a> et <a href="Eukaryota" title="Eukaryota">Eucaryotes</a> est soumise à débat, au profit de la division provisoire en trois du vivant<a href="#cite_note-42">[42]</a> ;</li>

<li>l'application de cette classification aux <a href="Angiosperme" title="Angiosperme">angiospermes</a> est illustrée par la <a href="Classification_APG" title="Classification APG">classification APG</a> (Angiosperms Phylogeny Group)<a href="#cite_note-43">[43]</a> ;</li>

<li>les girafes (Ruminants) sont plus proches des dauphins (Cétacés) qui ne ruminent pas que des chameaux (Camélidés) qui pourtant sont des ruminants (sans majuscule). En effet leur ancêtre commun se caractérise par un regroupement de certaines phalanges et leurs appareils digestifs respectifs ont évolué bien plus tard. On peut se poser des questions : ou bien l'ancêtre commun avait un signe précurseur de digestion par rumination, ou bien les mêmes causes (absence de préhension du fait de la fusion des phalanges) ont mené aux mêmes effets (adaptation de la digestion), ou bien encore autre chose, ou un mélange de plusieurs facteurs.</li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Éléments_conservés_de_la_classification_traditionnelle">Éléments conservés de la classification traditionnelle</h2></div>

La classification phylogénétique a évincé les critères arbitraires et non objectifs de classification, et les <a href="Anthropocentrisme" title="Anthropocentrisme">anthropocentrismes</a>. Elle conserve par contre :

<ul><li>la <a href="Nom_binominal" title="Nom binominal">nomenclature binominale</a> en <a href="Latin" title="Latin">latin</a> pour nommer les espèces. Deux rangs taxinomiques sont donc conservés, l'<a href="Esp%C3%A8ce" title="Espèce">espèce</a> et le <a href="Genre_(biologie)" title="Genre (biologie)">genre</a>, mais ils n'établissent pas une hiérarchie autre que celle du simple emboîtement des taxons ;</li>

<li>le <a href="Latin" title="Latin">latin</a> comme <a href="Langue_v%C3%A9hiculaire" title="Langue véhiculaire">langue véhiculaire</a> pour nommer les taxons ;</li>

<li>parfois les <a href="Rang_taxonomique" title="Rang taxonomique">rangs taxinomiques</a><a href="#cite_note-pj1997-12">[12]</a> ;</li>

<li>l'idée vague d'un <a href="Arbre_phylog%C3%A9n%C3%A9tique" title="Arbre phylogénétique">arbre évolutif</a>. Cette notion est conservée sous la forme des <a href="Cladistique" title="Cladistique">cladogrammes</a>, mais les rapports entre taxons sont strictement phylogénétiques.</li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Nomenclature_phylogénétique">Nomenclature phylogénétique</h2></div>

Les clades peuvent être nommés dans le contexte de la nomenclature linnéenne, mais cette solution n'est pas optimale car ces codes n'ont pas été conçus à cette fin, et deux codes linnéens importants (le <a href="Code_international_de_nomenclature_zoologique" title="Code international de nomenclature zoologique">code zoologique</a> et le <a href="Code_international_de_nomenclature_botanique" class="mw-redirect" title="Code international de nomenclature botanique">code botanique</a>) ne requièrent aucunement que les taxons soient monophylétiques. En fait, ces deux codes ne mentionnent même pas les mots "clade" et "monophylie". D'ailleurs, des pionniers de la nomenclature linnéenne ont réalisé dès le <abbr class="abbr" title="19ᵉ siècle">XIXe</abbr> siècle que ce type de nomenclature était appelé à être remplacé à terme. Ainsi, <a href="Alphonse_Pyrame_de_Candolle" title="Alphonse Pyrame de Candolle">Alphonse de Candolle</a>, dans ses Lois de la nomenclature botanique<a href="#cite_note-44">[44]</a> (publiées en 1867), écrivit (pages 10-11): "Viendra pourtant une époque où les formes végétales actuelles ayant toutes été décrites, les herbiers en offrant des types certains, les botanistes ayant fait, défait, quelquefois refait, élevé ou abaissé, et surtout modifié plusieurs centaines de milliers de groupes, depuis les classes jusqu'aux simples variétés d'espèces, le nombre des synonymes étant devenu infiniment plus considérable que celui des groupes admis, la science aura besoin de quelque grande rénovation dans les formes. Cette nomenclature que nous nous efforçons d'améliorer, paraîtra alors comme un vieil échafaudage, formé de pièces renouvelées péniblement, une à une, et entouré de débris constitués par toutes les parties rejetées qui formeront un encombrement plus ou moins gênant. L'édifice de la science aura été construit, mais il ne sera pas assez dégagé de tout ce qui a servi à l'élever. Alors, peut-être, il surgira quelque chose de tout différent de la nomenclature linnéenne, quelque chose qui sera imaginé pour donner définitivement des noms à des groupes définitifs. Cela est le secret de l'avenir, et d'un avenir encore bien éloigné."

De même, la préface d'un des premiers codes de nomenclature linnéenne, celui de la <a href="Soci%C3%A9t%C3%A9_ornithologique_am%C3%A9ricaine" title="Société ornithologique américaine">Société ornithologique américaine</a>, reconnaît dès 1886 (introduction, p. 5, traduction française récente<a href="#cite_note-45">[45]</a>) que: "Personne ne semble avoir soupçonné, en 1842 [lorsque le <a href="Hugh_Edwin_Strickland" title="Hugh Edwin Strickland">code Strickland</a> a été élaboré], que le système linnéen n’était pas l’héritage permanent de la science, ou que, dans quelques années, une théorie de l’évolution allait saper ses fondements mêmes, en changeant radicalement les conceptions des hommes sur les choses auxquelles des noms devaient être donnés<a href="#cite_note-46">[46]</a>."

Plus récemment, le président de la <a href="Commission_internationale_de_nomenclature_zoologique" title="Commission internationale de nomenclature zoologique">Commission internationale de nomenclature zoologique</a> avait prévenu que des développements de systèmes de nomenclature alternatifs étaient en développement, et qu'ils pourraient coexister avec la nomenclature linnéenne dans le futur<a href="#cite_note-47">[47]</a>, prédiction qui s'est donc confirmée.

Les progrès en phylogénétique ont révélé un autre problème avec la nomenclature linnéenne, à savoir que les rangs traditionnellement attribués à de nombreux taxons sont incompatibles avec leur hiérarchie, si celle-ci doit refléter la phylogénie. Ainsi, on considère traditionnellement que <a href="Reptilia" class="mw-redirect" title="Reptilia">Reptilia</a> est une classe, <a href="Theropoda" title="Theropoda">Theropoda</a>, un sous-ordre, et <a href="Oiseau" title="Oiseau">Aves</a>, une classe. Pourtant, le taxon Aves ne forme qu'une toute petite partie du taxon Theropoda, et divers taxons compris dans Theropoda incluent Aves, tels que <a href="Tetanurae" title="Tetanurae">Tetanurae</a> et <a href="Maniraptora" title="Maniraptora">Maniraptora</a>. Ce problème fut reconnu depuis longtemps<a href="#cite_note-48">[48]</a>,<a href="#cite_note-49">[49]</a>, mais aucune solution n'existe dans le cadre de la nomenclature linnéenne.

En réponse à ces problèmes et après un délai fort considérable, la nomenclature phylogénétique a été développée, comme alternative à la nomenclature linnéenne. Ce développement débuta dans la thèse du paléontologue américain <a href="Jacques_Gauthier_(pal%C3%A9ontologue)" title="Jacques Gauthier (paléontologue)">Jacques Gauthier</a>, intitulée Saurischian monophyly and the origin of birds (soutenue à San Francisco en 1986). Les articles fondateurs qui formalisèrent les principes de base de la nomenclature phylogénétique, qui ne requiert pas l'utilisation de rangs absolus (catégories linnéennes), furent publiés à partir de 1990<a href="#cite_note-:0-50">[50]</a>,<a href="#cite_note-51">[51]</a>.

En nomenclature phylogénétique, les définitions des noms les lient à des clades de façon explicite. Il y a trois grands types de définitions: par nœud, par branche, et par apomorphie<a href="#cite_note-:0-50">[50]</a>.

<ul><li>Une définition par nœud se formule ainsi : « le plus petit clade incluant A, B (éventuellement C, D, etc.) », dans laquelle ces lettres (comme pour les définitions suivantes) représentent des spécimens (typiquement, des types) ou des espèces nominales (et dans ce cas, l'espèce renvoie implicitement à son type).</li>

<li>Une définition par branche se formule ainsi : « le plus grand clade incluant A (éventuellement, B, C, etc.) mais pas X (éventuellement Y, Z, etc.) ».</li>

<li>Finalement, une définition par apomorphie se formule ainsi : « le clade diagnostiqué par l'apparition de l'apomorphyie M synapomorphique avec A » (dans ce cas, la lettre M désigne un état de caractère, pas un spécimen ou une espèce). Dans une définition par apomorphie, un taxon doit être spécifié, car un état dérivé peut apparaître de façon convergente (comme l'endothermie chez les tétrapodes, qui est apparue indépendamment chez les mammifères et les oiseaux), ce qui pourrait créer une ambiguïté dans l'application du nom.</li></ul>

Bien que les trois types de définitions puissent être combinées (même au sein d'une seule publication), la définition par apomorphie présente l'inconvénient d'avoir une application ambiguë si l'histoire évolutive du caractère utilisé dans la définition est floue, ce qui peut arriver à cause d'ambiguïté d'optimisation, même chez des taxons actuels, et plus souvent encore lorsqu'on a affaire à des taxons éteints représentés par des fossiles. Pour cette raison, certains auteurs préfèrent éviter les définitions par apomorphies<a href="#cite_note-52">[52]</a>,<a href="#cite_note-:1-53">[53]</a>. Par contre, il peut être avantageux, pour stabiliser la nomenclature (pour faire en sorte que le taxon A soit toujours composé des deux sous-taxons B et C), de combiner l'usage des définitions par noeuds et par branches pour former des triplets, chacun étant composé d'un noeud et de deux branches<a href="#cite_note-54">[54]</a>, comme <a href="Amniota" title="Amniota">Amniota</a>, qui peut être subdivisé en <a href="Synapsida" title="Synapsida">Synapsida</a> et <a href="Sauropsida" title="Sauropsida">Sauropsida</a>.

Le développement d'un code de nomenclature fondé sur la nomenclature phylogénétique, le <a href="PhyloCode" title="PhyloCode">PhyloCode</a>, débuta en 1997, mais ce code n'entra en vigueur qu'en 2020<a href="#cite_note-55">[55]</a>, avec la publication d'une monographie (intitulée Phylonyms) incluant la première série de taxons établis sous ce code<a href="#cite_note-56">[56]</a>. Phylonyms est donc l'équivalent, pour le <a href="PhyloCode" title="PhyloCode">PhyloCode</a>, du <a href="Systema_naturae" title="Systema naturae">Systema naturae</a> et du <a href="Species_plantarum" title="Species plantarum">Species plantarum</a>, en nomenclature zoologique et botanique, respectivement.

L'adoption de la nomenclature phylogénétique progresse de façon inégale selon les spécialités et les pays<a href="#cite_note-:1-53">[53]</a>. Ainsi, probablement en partie à cause des incohérences entre les rangs des taxons Aves (une classe) et Reptilia (également une classe) évoquée ci-dessus et du grand nombre de taxons emboîtés entre ces deux clades, les paléontologues travaillant sur les dinosaures mésozoïques<a href="#cite_note-57">[57]</a> (et même d'autres reptiles mésozoïques<a href="#cite_note-58">[58]</a> et actuels<a href="#cite_note-59">[59]</a>) ont fréquemment recours à la nomenclature phylogénétique, allant parfois jusqu'à établir des dizaines de définitions de noms de taxons pré-existants (ce qui constitue une "conversion", selon la terminologie du PhyloCode)<a href="#cite_note-60">[60]</a>. Plusieurs botanistes ont également adopté cette nouvelle nomenclature<a href="#cite_note-61">[61]</a>,<a href="#cite_note-62">[62]</a>. Inversement, peu de bactériologistes semblaient avoir adopté ce système (en 2020), à en juger par l'absence de contributions dans ce domaine dans Phylonyms.

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Critiques_de_la_classification_phylogénétique">Critiques de la classification phylogénétique</h2></div>

D'un point de vue cladistique, la <a href="Syst%C3%A9matique_%C3%A9volutionniste" title="Systématique évolutionniste">systématique évolutionniste</a> se fonde subjectivement sur les ressemblances les plus visibles entre les espèces pour fonder les classifications, ce qui ne reflète pas correctement les relations de parenté entre espèces<a href="#cite_note-Hennig1966-5">[5]</a>. Cette critique est rejetée par les <a href="Syst%C3%A9matique_%C3%A9volutionniste" title="Systématique évolutionniste">systématiciens évolutionnistes</a> qui insistent sur l'intérêt des groupes <a href="Paraphylie" title="Paraphylie">paraphylétiques</a> pour représenter correctement les processus évolutifs. Certains chercheurs, <a href="Syst%C3%A9matique_%C3%A9volutionniste" title="Systématique évolutionniste">systématiciens évolutionnistes</a>, critiquent le résultat de la classification phylogénétique car les clades ont fortement tendance à regrouper des espèces qui ne se ressemblent pas et au contraire à séparer des espèces qui se ressemblent<a href="#cite_note-aubert2016-6">[6]</a>. Cela est principalement dû à la très grande hétérogénéité de la vitesse de l'évolution d'une branche à l'autre. Ce ne sont donc pas les méthodes de construction des clades qui sont remises en cause mais leur utilisation pour produire une classification formelle. Selon cette école, la classification doit non seulement refléter la topologie de l'<a href="Arbre_phylog%C3%A9n%C3%A9tique" title="Arbre phylogénétique">arbre de la vie</a> mais également les distances évolutives, ce qui revient à autoriser les groupes <a href="Paraphylie" title="Paraphylie">paraphylétiques</a><a href="#cite_note-aubert2016-6">[6]</a>.

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Applications_secondaires">Applications secondaires</h2></div>

Dans le domaine de la <a href="Biog%C3%A9ographie" title="Biogéographie">biogéographie</a>, l'écologie rétrospective et différentes méthodes d'analyse régressive cherchent, en remontant dans le temps, quand les sources historiques, scientifiques et géologiques (fossiles…) le permettent, à retracer ainsi l'évolution du paysage, voire une « génétique des paysages ». On cherche alors « à établir une classification génétique des paysages actuels, à discerner les héritages et les mutations récentes, à faire la part des dynamiques forestières liées aux potentialités naturelles et des bouleversements résultant des vicissitudes historiques<a href="#cite_note-63">[63]</a> ». Cette approche vise aussi à mieux comprendre comment les écosystèmes et paysages pourront répondre aux <a href="R%C3%A9chauffement_climatique" class="mw-redirect" title="Réchauffement climatique">dérèglements climatiques</a> attendus.

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Notes_et_références">Notes et références</h2></div>

<li id="cite_note-1"><a href="#cite_ref-1">↑</a> Rasplus JY, « <cite style="font-style:normal">La systématique phylogénétique ou cladisme</cite> », Sauve qui peut, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 10,‎ <time>1998</time><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=La+syst%C3%A9matique+phylog%C3%A9n%C3%A9tique+ou+cladisme&rft.jtitle=Sauve+qui+peut&rft.issue=10&rft.aulast=JY&rft.aufirst=Rasplus&rft.date=1998&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-Tassy-2">« <a rel="nofollow" class="external text" href="https://e-systematica.org/analayse-cladistique-tassy"><cite style="font-style:normal;">Analyse cladistique (Pascal Tassy) – e-systematica</cite></a> », sur e-systematica.org (consulté le <time class="nowrap" datetime="2018-05-07" data-sort-value="2018-05-07">7 mai 2018</time>)

</li>

<li id="cite_note-3"><a href="#cite_ref-3">↑</a> <a href="Guillaume_Lecointre" title="Guillaume Lecointre">Guillaume Lecointre</a> et <a href="Herv%C3%A9_Le_Guyader" title="Hervé Le Guyader">Hervé Le Guyader</a> (<abbr class="abbr" title="illustrations">ill.</abbr> Dominique Visset), <cite class="italique"><a href="Classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique_de_Guillaume_Lecointre_et_Herv%C3%A9_Le_Guyader" class="mw-redirect" title="Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader">Classification phylogénétique du vivant</a></cite>, <abbr class="abbr" title="tome">t.</abbr> 1, Paris, <a href="Belin_Editeur" class="mw-redirect" title="Belin Editeur">Belin Editeur</a>, <time>2006</time>, <abbr class="abbr" title="troisième">3e</abbr> <abbr class="abbr" title="édition">éd.</abbr>, 559 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-4273-3 et 9782701142739, <a href="Online_Computer_Library_Center" title="Online Computer Library Center">OCLC</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://worldcat.org/fr/title/68987588">68987588</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Classification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique+du+vivant&rft.place=Paris&rft.pub=Belin+Editeur&rft.edition=3&rft.aulast=Lecointre&rft.aufirst=Guillaume&rft.au=Le+Guyader%2C+Herv%C3%A9&rft.date=2006&rft.tpages=559&rft.isbn=2-7011-4273-3&rft_id=info%3Aoclcnum%2F68987588&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-Aubert2017-4"><a href="#cite_ref-Aubert2017_4-0">↑</a> Damien Aubert, <cite class="italique">Classer le vivant : Les perspectives de la systématique évolutionniste moderne</cite>, Paris, Ellipses, <time>2017</time>, 496 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-2-340-01773-3)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Classer+le+vivant&rft.place=Paris&rft.pub=Ellipses&rft.stitle=Les+perspectives+de+la+syst%C3%A9matique+%C3%A9volutionniste+moderne&rft.aulast=Aubert&rft.aufirst=Damien&rft.date=2017&rft.tpages=496&rft.isbn=978-2-340-01773-3&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-Hennig1966-5"><abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a href="Willi_Hennig" title="Willi Hennig">Willi Hennig</a>, 1966. Phylogenetic Systematics. <a href="Urbana_(Illinois)" title="Urbana (Illinois)">Urbana</a>: <a href="University_of_Illinois_Press" title="University of Illinois Press">University of Illinois Press</a>, traduit par D. Dwight Davis & R. Zangerl.

</li>

<li id="cite_note-aubert2016-6">Aubert, D. (2016) Une nouvelle mégaclassification pragmatique du vivant. <a href="M%C3%A9decine/sciences" title="Médecine/sciences">Med Sci</a> ; 32(5): 497–499.<a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1051%2Fmedsci%2F20163205017">10.1051/medsci/20163205017</a>

</li>

<li id="cite_note-7"><a href="#cite_ref-7">↑</a> <a href="Armand_de_Ricql%C3%A8s" title="Armand de Ricqlès">Armand de Ricqlès</a>, « <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.college-de-france.fr/media/lecons-inaugurales/UPL31988_LI_137_De_Ricql_s.pdf">Biologie historique et Évolutionnisme</a> », Leçon inaugurale au <a href="Coll%C3%A8ge_de_France" title="Collège de France">Collège de France</a>, lundi 6 mai 1996.

</li>

<li id="cite_note-8"><a href="#cite_ref-8">↑</a> Pierre de Puytorac, « <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.snv.jussieu.fr/zoologie/Bulletin/Documents/SZF135(1-2)/DePuytorac135(7-16).pdf">Évolution de l'enseignement de la zoologie à l'université durant les dernières années</a> », Bulletin de la <a href="Soci%C3%A9t%C3%A9_zoologique_de_France" title="Société zoologique de France">Société zoologique de France</a>, Vol.135, Fasc.1-2, 2010, p. 7-16.

</li>

<li id="cite_note-9"><a href="#cite_ref-9">↑</a> <a href="Guillaume_Lecointre" title="Guillaume Lecointre">Guillaume Lecointre</a>, « La construction de phylogénies », Journal de l’APBG (Association des Professeurs de Biologie et Géologie), n°1, 1995, p. 109-136.

</li>

<li id="cite_note-10"><a href="#cite_ref-10">↑</a> François Cariou, André Duco, Gérard Guillot, Claude Lebas, <a href="Guillaume_Lecointre" title="Guillaume Lecointre">Guillaume Lecointre</a> (<abbr class="abbr" title="directeur de publication">dir.</abbr>), Marie-Laure Le Louarn, Patrick Mardelle et Éric Nicol (<abbr class="abbr" title="préface">préf.</abbr> <a href="Andr%C3%A9_Giordan" title="André Giordan">André Giordan</a>, <abbr class="abbr" title="illustrations">ill.</abbr> Thomas Haessig et Dominique Visset, sous la direction de Guillaume Lecointre), <cite class="italique">Comprendre et enseigner la classification du vivant</cite>, Paris, <a href="%C3%89ditions_Belin" class="mw-redirect" title="Éditions Belin">Éditions Belin</a>, <time>2008</time>, <abbr class="abbr" title="deuxième">2e</abbr> <abbr class="abbr" title="édition">éd.</abbr> (<abbr class="abbr" title="première">1re</abbr> <abbr class="abbr" title="édition">éd.</abbr> 2004), 351 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> [détail des éditions] (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-2-7011-4798-7)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Comprendre+et+enseigner+la+classification+du+vivant&rft.place=Paris&rft.pub=%C3%89ditions+Belin&rft.edition=2&rft.aulast=Cariou&rft.aufirst=Fran%C3%A7ois&rft.au=Duco%2C+Andr%C3%A9&rft.au=Guillot%2C+G%C3%A9rard&rft.au=Lebas%2C+Claude&rft.au=Lecointre%2C+Guillaume&rft.au=Le+Louarn%2C+Marie-Laure&rft.au=Mardelle%2C+Patrick&rft.au=Nicol%2C+%C3%89ric&rft.date=2008&rft.tpages=351&rft.isbn=978-2-7011-4798-7&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">.

</li>

<li id="cite_note-11"><a href="#cite_ref-11">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : allemand">(de)</abbr> <a href="Willi_Hennig" title="Willi Hennig">Willi Hennig</a>, Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik Hennig Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik, Deutscher Zentralverlag, Berlin 1950 (Fondements d'une théorie de la systématique phylogénétique).

</li>

<li id="cite_note-pj1997-12"><a href="Philippe_Janvier_(pal%C3%A9ontologue)" title="Philippe Janvier (paléontologue)">Philippe Janvier</a>, « <cite style="font-style:normal">Les classifications phylogénétiques des vertébrés actuels et fossiles</cite> », Bulletin de la <a href="Soci%C3%A9t%C3%A9_zoologique_de_France" title="Société zoologique de France">Société zoologique de France</a>, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 122, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 4,‎ <time>1997</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 341-354 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0037-962X">0037-962X</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.researchgate.net/publication/291137114_Les_classifications_phylogenetiques_des_vertebres_actuels_et_fossiles_Janvier_P_Bull_Soc_Zool_Fr_1997_122341-354">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Les+classifications+phylog%C3%A9n%C3%A9tiques+des+vert%C3%A9br%C3%A9s+actuels+et+fossiles&rft.jtitle=Bulletin+de+la+Soci%C3%A9t%C3%A9+zoologique+de+France&rft.issue=4&rft.aulast=Janvier&rft.aufirst=Philippe&rft.date=1997&rft.volume=122&rft.pages=341-354&rft.issn=0037-962X&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">.

</li>

<li id="cite_note-13"><a href="#cite_ref-13">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a href="Ernst_Mayr" title="Ernst Mayr">Ernst Mayr</a>, "Cladistic analysis or cladistic classification?", Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, Vol.12, No.1, September 1974, p.94-128. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1111%2Fj.1439-0469.1974.tb00160.x">10.1111/j.1439-0469.1974.tb00160.x</a>

</li>

<li id="cite_note-14"><a href="#cite_ref-14">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a href="Willi_Hennig" title="Willi Hennig">Willi Hennig</a>, "Cladistic Analysis or Cladistic Classification? : A Reply to Ernst Mayr", Systematic Zoology, Vol. 24, No.2, June 1975, p.244-256. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.2307%2F2412765">10.2307/2412765</a>

</li>

<li id="cite_note-15"><a href="#cite_ref-15">↑</a> Martin S. Fisher & Pascal Tassy (coordonné par), « Analyse cladistique : le débat Mayr-Hennig de 1974 », Biosystema, n°29, Éditions matériologiques, 2014, 96 p. (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-2-919694-83-9)

</li>

<li id="cite_note-16"><a href="#cite_ref-16">↑</a> <a href="Philippe_Janvier_(pal%C3%A9ontologue)" title="Philippe Janvier (paléontologue)">Philippe Janvier</a>, Pascal Tassy & Herbert Thomas, « Le cladisme », <a href="La_Recherche_(magazine)" title="La Recherche (magazine)">La Recherche</a>, Vol.11, n°117, décembre 1980, p.1396-1406.

</li>

<li id="cite_note-17"><a href="#cite_ref-17">↑</a> <a href="Herv%C3%A9_Le_Guyader" title="Hervé Le Guyader">Hervé Le Guyader</a>, Classification et évolution, coll. « Le collège de la cité », N°4, <a href="Le_Pommier" title="Le Pommier">Éditions Le Pommier</a> / <a href="Cit%C3%A9_des_sciences_et_de_l'industrie" title="Cité des sciences et de l'industrie">Cité des sciences et de l'industrie</a>, Paris, 2003, p.51. (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-74650133-3)

</li>

<li id="cite_note-18"><a href="#cite_ref-18">↑</a> Particulièrement pour les <a href="Microorganisme" class="mw-redirect" title="Microorganisme">microorganismes</a> : dans Lansing M. Prescott, John P. Harley et Donald A. Klein (<abbr class="abbr" title="traduction">trad.</abbr> de l'anglais), <cite class="italique">Microbiologie : 2e édition française</cite>, Bruxelles, <a href="De_Boeck_Sup%C3%A9rieur" class="mw-redirect" title="De Boeck Supérieur">De Boeck Supérieur</a>, <time>2003</time>, 1137 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-8041-4256-6), <abbr class="abbr" title="page">p.</abbr> 429<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Microbiologie&rft.place=Bruxelles&rft.pub=De+Boeck+Sup%C3%A9rieur&rft.stitle=2%3Csup%3Ee%3C%2Fsup%3E+%C3%A9dition+fran%C3%A7aise&rft.aulast=Prescott&rft.aufirst=Lansing+M.&rft.au=Harley%2C+John+P.&rft.au=Klein%2C+Donald+A.&rft.date=2003&rft.pages=429&rft.tpages=1137&rft.isbn=2-8041-4256-6&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique"> : « Une des meilleures approches de la taxonomie est l'étude des protéines et des acides nucléiques. […] La comparaison des protéines et des acides nucléiques fournit une information considérable sur les parentés véritables. Ces approches moléculaires récentes ont pris de plus en plus d'importance dans la taxonomie des <a href="Procaryote" class="mw-redirect" title="Procaryote">procaryotes</a> »

</li>

<li id="cite_note-19"><a href="#cite_ref-19">↑</a> Daniel Prat, <a href="Aline_Raynal-Roques" title="Aline Raynal-Roques">Aline Raynal-Roques</a>, Albert Roguenant et France orchidées, <cite class="italique">Peut-on classer le vivant? Linné et la systématique aujourd'hui</cite> (actes du colloque tricentenaire de Linné, <a href="Dijon" title="Dijon">Dijon</a>, 31 janvier - 3 février 2007), Paris, Belin, <time>2008</time>, 437 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-2-7011-4716-1 et 2701147166, <a href="Online_Computer_Library_Center" title="Online Computer Library Center">OCLC</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://worldcat.org/fr/title/496779704">496779704</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.persee.fr/doc/linly_0366-1326_2008_num_77_7_15734">présentation en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Peut-on+classer+le+vivant%3F+Linn%C3%A9+et+la+syst%C3%A9matique+aujourd%27hui&rft.place=Paris&rft.pub=Belin&rft.aulast=Prat&rft.aufirst=Daniel&rft.au=Raynal-Roques%2C+Aline&rft.au=Roguenant%2C+Albert&rft.au=France+orchid%C3%A9es&rft.date=2008&rft.tpages=437&rft.isbn=978-2-7011-4716-1&rft_id=info%3Aoclcnum%2F496779704&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-20"><a href="#cite_ref-20">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 39, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-Treebase-21"><a href="#cite_ref-Treebase_21-0">↑</a> Voir le site <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.treebase.org/treebase/index.html">treebase</a> qui fait référence en la matière

</li>

<li id="cite_note-22"><a href="#cite_ref-22">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a href="Colin_Tudge" title="Colin Tudge">Colin Tudge</a>, <cite class="italique" lang="en">The Variety of Life : A Survey and a Celebration of All the Creatures that Have Ever Lived</cite>, Oxford, <a href="Oxford_University_Press" title="Oxford University Press">Oxford University Press</a>, <time>2000</time>, 684 <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr>, poche (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-0-19-860426-6)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=The+Variety+of+Life&rft.place=Oxford&rft.pub=Oxford+University+Press&rft.stitle=A+Survey+and+a+Celebration+of+All+the+Creatures+that+Have+Ever+Lived&rft.aulast=Tudge&rft.aufirst=Colin&rft.date=2000&rft.tpages=684&rft.isbn=978-0-19-860426-6&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-23"><a href="#cite_ref-23">↑</a> <a href="Herv%C3%A9_Le_Guyader" title="Hervé Le Guyader">Hervé Le Guyader</a>, dir. (1998) L'évolution, Belin/Pour la Science.

</li>

<li id="cite_note-cw1990-24"><a href="#cite_ref-cw1990_24-0">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a href="Carl_Woese" title="Carl Woese">Carl R. Woese</a>, Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", <a href="Proc._Natl._Acad._Sci._USA" class="mw-redirect" title="Proc. Natl. Acad. Sci. USA">Proc. Natl. Acad. Sci. USA</a>, Vol.87, No.12, June 1, 1990, p. 4576-4579. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1073%2Fpnas.87.12.4576">10.1073/pnas.87.12.4576</a>

</li>

<li id="cite_note-LE_GUYADER_Hervé_page_13,_2-25"><a href="#cite_ref-LE_GUYADER_Hervé_page_13,_2_25-0">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, page 13, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-LE_GUYADER_Hervé_page_17,_2-26">Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, page 17, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-27"><a href="#cite_ref-27">↑</a> <a href="C%C3%A9dric_Grimoult" title="Cédric Grimoult">Cédric Grimoult</a>, L'évolution biologique en France : une révolution scientifique, politique et culturelle, Genève, Droz 2001.

</li>

<li id="cite_note-28"><a href="#cite_ref-28">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, page 23, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-29"><a href="#cite_ref-29">↑</a> Guide critique de l'évolution sous la direction de <a href="Guillaume_Lecointre" title="Guillaume Lecointre">Guillaume Lecointre</a> avec Corinne Fortin, Gérard Guillot, Marie-Laure Le Louarn-Bonnet, <a href="Belin_%C3%89diteur" class="mw-redirect" title="Belin Éditeur">Belin</a>, 2009 (plusieurs rééditions) - (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2701147972) ; <a href="Jean_Chaline" title="Jean Chaline">Jean Chaline</a>, Quoi de neuf depuis Darwin ?, Ellipses 2006 (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-2-7298-3100-4) et <a href="Herv%C3%A9_Le_Guyader" title="Hervé Le Guyader">Hervé Le Guyader</a> (dir.) L'évolution, Belin/Pour la Science 1998.

</li>

<li id="cite_note-30"><a href="#cite_ref-30">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> John H. Ostrom, « <cite style="font-style:normal" lang="en">On the Origin of Birds and of Avian Flight</cite> », Short Courses in Paleontology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 7,‎ <time class="nowrap" datetime="1994-01" data-sort-value="1994-01">janvier 1994</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 160–177 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/2475-2630">2475-2630</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/2475-2673">2475-2673</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1017/S2475263000001306">10.1017/S2475263000001306</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.cambridge.org/core/journals/short-courses-in-paleontology/article/abs/on-the-origin-of-birds-and-of-avian-flight/A99FB9BD4A0865B798CF51834FBD33E4">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-04" data-sort-value="2024-11-04">4 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=On+the+Origin+of+Birds+and+of+Avian+Flight&rft.jtitle=Short+Courses+in+Paleontology&rft.aulast=Ostrom&rft.aufirst=John+H.&rft.date=1994-01&rft.volume=7&rft.pages=160%E2%80%93177&rft.issn=2475-2630&rft_id=info%3Adoi%2F10.1017%2FS2475263000001306&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_16,_2-31">Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 16, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-32"><a href="#cite_ref-32">↑</a> Sean P. Modesto et Jason S. Anderson, « <cite style="font-style:normal">The Phylogenetic Definition of Reptilia</cite> », Systematic Biology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 53, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 5,‎ <time class="nowrap" datetime="2004-10-01" data-sort-value="2004-10-01"><abbr class="abbr" title="premier">1er</abbr> octobre 2004</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 815–821 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1076-836X">1076-836X</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1063-5157">1063-5157</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1080/10635150490503026">10.1080/10635150490503026</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://academic.oup.com/sysbio/article-abstract/53/5/815/2842963?redirectedFrom=fulltext">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-04" data-sort-value="2024-11-04">4 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+Phylogenetic+Definition+of+Reptilia&rft.jtitle=Systematic+Biology&rft.issue=5&rft.aulast=Modesto&rft.aufirst=Sean+P.&rft.au=Anderson%2C+Jason+S.&rft.date=2004-10-01&rft.volume=53&rft.pages=815%E2%80%93821&rft.issn=1076-836X&rft_id=info%3Adoi%2F10.1080%2F10635150490503026&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-33"><a href="#cite_ref-33">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Michel Laurin et Robert R. Reisz, « <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.routledge.com/Phylonyms-A-Companion-to-the-PhyloCode-1st-Edition/de-Queiroz-Cantino-Gauthier/p/book/9781138332935"><cite style="font-style:normal;" lang="en">Reptilia. Dans Phylonyms: A Companion to the PhyloCode</cite></a> », Boca Raton, Fl, CRC Press, <time>2020</time> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 0429821204), <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 1027-1031

</li>

<li id="cite_note-34"><a href="#cite_ref-34">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 520, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-35"><a href="#cite_ref-35">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Alysha M. Heimberg, Richard Cowper-Sal·lari, Marie Sémon et Philip C. J. Donoghue, « <cite style="font-style:normal" lang="en">microRNAs reveal the interrelationships of hagfish, lampreys, and gnathostomes and the nature of the ancestral vertebrate</cite> », Proceedings of the National Academy of Sciences, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 107, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 45,‎ <time class="nowrap" datetime="2010-11-09" data-sort-value="2010-11-09">9 novembre 2010</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 19379–19383 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0027-8424">0027-8424</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1091-6490">1091-6490</a>, <a href="PubMed" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20959416">20959416</a>, <a href="PubMed_Central" title="PubMed Central">PMCID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2984222">PMC2984222</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1010350107">10.1073/pnas.1010350107</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1010350107">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-04" data-sort-value="2024-11-04">4 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=microRNAs+reveal+the+interrelationships+of+hagfish%2C+lampreys%2C+and+gnathostomes+and+the+nature+of+the+ancestral+vertebrate&rft.jtitle=Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences&rft.issue=45&rft.aulast=Heimberg&rft.aufirst=Alysha+M.&rft.au=Cowper-Sal%C2%B7lari%2C+Richard&rft.au=S%C3%A9mon%2C+Marie&rft.au=Donoghue%2C+Philip+C.+J.&rft.date=2010-11-09&rft.volume=107&rft.pages=19379%E2%80%9319383&rft.issn=0027-8424&rft_id=info%3Adoi%2F10.1073%2Fpnas.1010350107&rft_id=info%3Apmid%2F20959416&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-36"><a href="#cite_ref-36">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 321, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-37"><a href="#cite_ref-37">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 448, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-38"><a href="#cite_ref-38">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Donald R. Prothero, Daryl Domning, R. Ewan Fordyce, Scott Foss <abbr class="abbr" title="et alii (et d’autres)">et al.</abbr>, « <cite style="font-style:normal" lang="en">On the Unnecessary and Misleading Taxon “Cetartiodactyla”</cite> », Journal of Mammalian Evolution, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 29, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 1,‎ <time class="nowrap" datetime="2022-03-01" data-sort-value="2022-03-01"><abbr class="abbr" title="premier">1er</abbr> mars 2022</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 93–97 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1573-7055">1573-7055</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1007/s10914-021-09572-7">10.1007/s10914-021-09572-7</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s10914-021-09572-7">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-04" data-sort-value="2024-11-04">4 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=On+the+Unnecessary+and+Misleading+Taxon+%E2%80%9CCetartiodactyla%E2%80%9D&rft.jtitle=Journal+of+Mammalian+Evolution&rft.issue=1&rft.aulast=Prothero&rft.aufirst=Donald+R.&rft.au=Domning%2C+Daryl&rft.au=Fordyce%2C+R.+Ewan&rft.au=Foss%2C+Scott&rft.date=2022-03-01&rft.volume=29&rft.pages=93%E2%80%9397&rft.issn=1573-7055&rft_id=info%3Adoi%2F10.1007%2Fs10914-021-09572-7&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-Le_Guyader_Hervé_page_517,_2-39">Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 517, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-40"><a href="#cite_ref-40">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 518, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-41"><a href="#cite_ref-41">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 118, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-42"><a href="#cite_ref-42">↑</a> Lecointre Guillaume et Le Guyader Hervé, Classification phylogénétique du vivant, p. 50, <abbr class="abbr" title="Deuxième">2e</abbr> édition, 2002, Belin, Paris, (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 2-7011-2137-X)

</li>

<li id="cite_note-43"><a href="#cite_ref-43">↑</a> « <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.botanique.org/classification/angiosperm-phylogeny-group-apg-ii/rubrique576.html"><cite style="font-style:normal; color:var(--color-link-red, #d73333);">rubrique APG II</cite></a> »(<a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/*/http://www.botanique.org/classification/angiosperm-phylogeny-group-apg-ii/rubrique576.html">Archive.org</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.wikiwix.com/cache/?url=http://www.botanique.org/classification/angiosperm-phylogeny-group-apg-ii/rubrique576.html">Wikiwix</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.is/http://www.botanique.org/classification/angiosperm-phylogeny-group-apg-ii/rubrique576.html">Archive.is</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://webcache.googleusercontent.com/search?hl=fr&q=cache:http://www.botanique.org/classification/angiosperm-phylogeny-group-apg-ii/rubrique576.html">Google</a> • Que faire ?), sur botanique.org, <time class="nowrap" datetime="2005-07-31" data-sort-value="2005-07-31">31 juillet 2005</time>.

</li>

<li id="cite_note-44"><a href="#cite_ref-44">↑</a> Alphonse de Candolle, <cite class="italique">Lois de la nomenclature botanique adoptées par le Congrès international de botanique tenu à Paris en août 1867: suivies d'une 2e édition de l'introduction historique et du commentaire qui accompagnaient la rédaction préparatoire présentée au Congrès</cite>, H. Georg, <time>1867</time> (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://books.google.fr/books?id=S-QkAAAAYAAJ&ots=dJG-esXXJB&dq=Lois%20de%20la%20nomenclature%20botanique%20adopt%C3%A9es%20par%20le%20Congr%C3%A8s%20international%20de%20botanique%20tenu%20%C3%A0%20Paris%20en%20ao%C3%BBt%201867:%20suivies%20d'une%202e%20%C3%A9dition%20de%20l'introduction%20historique%20et%20du%20commentaire%20qui%20accompagnaient%20la%20r%C3%A9daction%20pr%C3%A9paratoire%20pr%C3%A9sent%C3%A9e%20au%20Congr&lr&pg=PA1#v=onepage&q=Lois%20de%20la%20nomenclature%20botanique%20adopt%C3%A9es%20par%20le%20Congr%C3%A8s%20international%20de%20botanique%20tenu%20%C3%A0%20Paris%20en%20ao%C3%BBt%201867:%20suivies%20d'une%202e%20%C3%A9dition%20de%20l'introduction%20historique%20et%20du%20commentaire%20qui%20accompagnaient%20la%20r%C3%A9daction%20pr%C3%A9paratoire%20pr%C3%A9sent%C3%A9e%20au%20Congr&f=false">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Lois+de+la+nomenclature+botanique+adopt%C3%A9es+par+le+Congr%C3%A8s+international+de+botanique+tenu+%C3%A0+Paris+en+ao%C3%BBt+1867%3A+suivies+d%27une+2e+%C3%A9dition+de+l%27introduction+historique+et+du+commentaire+qui+accompagnaient+la+r%C3%A9daction+pr%C3%A9paratoire+pr%C3%A9sent%C3%A9e+au+Congr%C3%A8s&rft.pub=H.+Georg&rft.aulast=Candolle&rft.aufirst=Alphonse+de&rft.date=1867&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-45"><a href="#cite_ref-45">↑</a> Michel Laurin, « <cite style="font-style:normal">L'avènement du PhyloCode : La conséquence logique de millénaires d'évolution de la nomenclature biologique ?</cite> », Bulletin de la société d'histoire naturelle de Toulouse, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 159,‎ <time>2023</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 15–29 (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://hal.science/hal-04521911/">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-16" data-sort-value="2024-11-16">16 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=L%27av%C3%A8nement+du+PhyloCode+%3A+La+cons%C3%A9quence+logique+de+mill%C3%A9naires+d%27%C3%A9volution+de+la+nomenclature+biologique+%3F&rft.jtitle=Bulletin+de+la+soci%C3%A9t%C3%A9+d%27histoire+naturelle+de+Toulouse&rft.aulast=Laurin&rft.aufirst=Michel&rft.date=2023&rft.volume=159&rft.pages=15%E2%80%9329&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-46"><a href="#cite_ref-46">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Société ornithologique américaine, <cite class="italique" lang="en">The Code of Nomenclature and Check-list of North American Birds Adopted by the American Ornithologists' Union; Being the Report of the Committee of the Union on Classification and Nomenclature</cite>, Société ornithologique américaine, <time>1886</time> (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://books.google.fr/books?id=GEsbAAAAIAAJ&ots=Jtl7yu0wLo&dq=The%20Code%20of%20Nomenclature%20and%20Check-list%20of%20North%20American%20Birds%20Adopted%20by%20the%20American%20Ornithologists'%20Union&lr&pg=PR1#v=onepage&q=The%20Code%20of%20Nomenclature%20and%20Check-list%20of%20North%20American%20Birds%20Adopted%20by%20the%20American%20Ornithologists'%20Union&f=false">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=The+Code+of+Nomenclature+and+Check-list+of+North+American+Birds+Adopted+by+the+American+Ornithologists%27+Union%3B+Being+the+Report+of+the+Committee+of+the+Union+on+Classification+and+Nomenclature&rft.pub=Soci%C3%A9t%C3%A9+ornithologique+am%C3%A9ricaine&rft.aulast=Soci%C3%A9t%C3%A9+ornithologique+am%C3%A9ricaine&rft.date=1886&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-47"><a href="#cite_ref-47">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Minelli, Alessandro, « <cite style="font-style:normal" lang="en">The names of animals</cite> », Trends in Ecology and Evolution, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 14, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 12,‎ <time>1999</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 462-463 (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.cell.com/trends/ecology-evolution/abstract/S0169-5347(99)01747-4">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+names+of+animals&rft.jtitle=Trends+in+Ecology+and+Evolution&rft.issue=12&rft.aulast=Alessandro&rft.aufirst=Minelli%2C&rft.date=1999&rft.volume=14&rft.pages=462-463&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-48"><a href="#cite_ref-48">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Richard Estes et Charles Lewis Camp, <cite class="italique" lang="en">Phylogenetic Relationships of the Lizard Families: Essays Commemorating Charles L. Camp</cite>, Stanford University Press, <time>1988</time> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-0-8047-1435-8, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://books.google.fr/books?id=h5fIP1X7YvoC&lpg=PA15&ots=fW_Fj7gy6A&dq=A%20phylogenetic%20analysis%20of%20Lepidosauromorpha&lr&pg=PA15#v=onepage&q=A%20phylogenetic%20analysis%20of%20Lepidosauromorpha&f=false">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Phylogenetic+Relationships+of+the+Lizard+Families%3A+Essays+Commemorating+Charles+L.+Camp&rft.pub=Stanford+University+Press&rft.aulast=Estes&rft.aufirst=Richard&rft.au=Camp%2C+Charles+Lewis&rft.date=1988&rft.isbn=978-0-8047-1435-8&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-49"><a href="#cite_ref-49">↑</a> Michel Laurin, <cite class="italique">The advantages of Phylogenetic Nomenclature over linnean nomenclature</cite>, Animal names, Instituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti, Venice, <time>2005</time> (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://hal.science/hal-00117182/">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=The+advantages+of+Phylogenetic+Nomenclature+over+linnean+nomenclature&rft.pub=Animal+names%2C+Instituto+Veneto+di+Scienze%2C+Lettere+ed+Arti%2C+Venice&rft.aulast=Laurin&rft.aufirst=Michel&rft.date=2005&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-:0-50">Kevin de Queiroz et Jacques Gauthier, « <cite style="font-style:normal">Phylogeny as a Central Principle in Taxonomy: Phylogenetic Definitions of Taxon Names</cite> », Systematic Zoology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 39, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 4,‎ <time class="nowrap" datetime="1990-12" data-sort-value="1990-12">décembre 1990</time>, <abbr class="abbr" title="page">p.</abbr> 307 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0039-7989">0039-7989</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.2307/2992353">10.2307/2992353</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://academic.oup.com/sysbio/article-abstract/39/4/307/1646987?redirectedFrom=fulltext">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-16" data-sort-value="2024-11-16">16 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Phylogeny+as+a+Central+Principle+in+Taxonomy%3A+Phylogenetic+Definitions+of+Taxon+Names&rft.jtitle=Systematic+Zoology&rft.issue=4&rft.aulast=de+Queiroz&rft.aufirst=Kevin&rft.au=Gauthier%2C+Jacques&rft.date=1990-12&rft.volume=39&rft.pages=307&rft.issn=0039-7989&rft_id=info%3Adoi%2F10.2307%2F2992353&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-51"><a href="#cite_ref-51">↑</a> Kevin de Queiroz et Jacques Gauthier, « <cite style="font-style:normal">Phylogenetic Taxonomy</cite> », Annual Review of Ecology and Systematics, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 23,‎ <time>1992</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 449–480 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0066-4162">0066-4162</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.jstor.org/stable/2097296">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-16" data-sort-value="2024-11-16">16 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Phylogenetic+Taxonomy&rft.jtitle=Annual+Review+of+Ecology+and+Systematics&rft.aulast=de+Queiroz&rft.aufirst=Kevin&rft.au=Gauthier%2C+Jacques&rft.date=1992&rft.volume=23&rft.pages=449%E2%80%93480&rft.issn=0066-4162&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-52"><a href="#cite_ref-52">↑</a> Paul C. Sereno, « <cite style="font-style:normal">The Logical Basis of Phylogenetic Taxonomy</cite> », Systematic Biology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 54, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 4,‎ <time class="nowrap" datetime="2005-08-01" data-sort-value="2005-08-01"><abbr class="abbr" title="premier">1er</abbr> août 2005</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 595–619 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1076-836X">1076-836X</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1063-5157">1063-5157</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1080/106351591007453">10.1080/106351591007453</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://academic.oup.com/sysbio/article-abstract/54/4/595/2842925?redirectedFrom=fulltext">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-16" data-sort-value="2024-11-16">16 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+Logical+Basis+of+Phylogenetic+Taxonomy&rft.jtitle=Systematic+Biology&rft.issue=4&rft.aulast=Sereno&rft.aufirst=Paul+C.&rft.date=2005-08-01&rft.volume=54&rft.pages=595%E2%80%93619&rft.issn=1076-836X&rft_id=info%3Adoi%2F10.1080%2F106351591007453&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-:1-53"><abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Michel Laurin, <cite class="italique" lang="en">The Advent of PhyloCode: The Continuing Evolution of Biological Nomenclature</cite>, CRC Press, <time class="nowrap" datetime="2023-08-03" data-sort-value="2023-08-03">3 août 2023</time> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-1-000-91257-9, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://books.google.fr/books?id=-P3BEAAAQBAJ&lpg=PT11&ots=5cXXk81WwN&lr&hl=fr&pg=PA1#v=onepage&q&f=false">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=The+Advent+of+PhyloCode%3A+The+Continuing+Evolution+of+Biological+Nomenclature&rft.pub=CRC+Press&rft.aulast=Laurin&rft.aufirst=Michel&rft.date=2023-08-03&rft.isbn=978-1-000-91257-9&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-54"><a href="#cite_ref-54">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Paul Sereno, « <cite style="font-style:normal" lang="en">A rationale for phylogenetic definitions, with application to the higher-level taxonomy of Dinosauria</cite> », Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie. Abhandlungen, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 201, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 1,‎ <time>1998</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 41-83<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=A+rationale+for+phylogenetic+definitions%2C+with+application+to+the+higher-level+taxonomy+of+Dinosauria&rft.jtitle=Neues+Jahrbuch+f%C3%BCr+Geologie+und+Pal%C3%A4ontologie.++Abhandlungen&rft.issue=1&rft.aulast=Sereno&rft.aufirst=Paul&rft.date=1998&rft.volume=201&rft.pages=41-83&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-55"><a href="#cite_ref-55">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> « <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.routledge.com/International-Code-of-Phylogenetic-Nomenclature-PhyloCode/Queiroz-Cantino/p/book/9781138332829"><cite style="font-style:normal;" lang="en">International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode)</cite></a> », sur Routledge & CRC Press (consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-16" data-sort-value="2024-11-16">16 novembre 2024</time>)

</li>

<li id="cite_note-56"><a href="#cite_ref-56">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Kevin de Queiroz, Philip D. Cantino et Jacques A. Gauthier, <cite class="italique" lang="en">Phylonyms: A Companion to the PhyloCode</cite>, CRC Press, <time class="nowrap" datetime="2020-04-30" data-sort-value="2020-04-30">30 avril 2020</time> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-0-429-44627-6, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1201/9780429446276">10.1201/9780429446276</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.taylorfrancis.com/books/9780429821219">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=Phylonyms%3A+A+Companion+to+the+PhyloCode&rft.pub=CRC+Press&rft.aulast=Queiroz&rft.aufirst=Kevin+de&rft.au=Cantino%2C+Philip+D.&rft.au=Gauthier%2C+Jacques+A.&rft.date=2020-04-30&rft.isbn=978-0-429-44627-6&rft_id=info%3Adoi%2F10.1201%2F9780429446276&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-57"><a href="#cite_ref-57">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Pascal Godefroit, Sofia M. Sinitsa, Danielle Dhouailly et Yuri L. Bolotsky, « <cite style="font-style:normal" lang="en">A Jurassic ornithischian dinosaur from Siberia with both feathers and scales</cite> », Science, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 345, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 6195,‎ <time class="nowrap" datetime="2014-07-25" data-sort-value="2014-07-25">25 juillet 2014</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 451–455 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0036-8075">0036-8075</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1095-9203">1095-9203</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1126/science.1253351">10.1126/science.1253351</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.science.org/doi/10.1126/science.1253351">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-17" data-sort-value="2024-11-17">17 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=A+Jurassic+ornithischian+dinosaur+from+Siberia+with+both+feathers+and+scales&rft.jtitle=Science&rft.issue=6195&rft.aulast=Godefroit&rft.aufirst=Pascal&rft.au=Sinitsa%2C+Sofia+M.&rft.au=Dhouailly%2C+Danielle&rft.au=Bolotsky%2C+Yuri+L.&rft.date=2014-07-25&rft.volume=345&rft.pages=451%E2%80%93455&rft.issn=0036-8075&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1253351&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-58"><a href="#cite_ref-58">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Hans-Dieter Sues, <cite class="italique" lang="en">The Rise of Reptiles: 320 Million Years of Evolution</cite>, JHU Press, <time class="nowrap" datetime="2019-08-06" data-sort-value="2019-08-06">6 août 2019</time> (<a href="International_Standard_Book_Number" title="International Standard Book Number">ISBN</a> 978-1-4214-2868-0, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://books.google.fr/books?id=qGycDwAAQBAJ&lpg=PR5&ots=VvIxcMp4vm&dq=The%20Rise%20of%20Reptiles:%20320%20Million%20Years%20of%20Evolution&lr&pg=PR5#v=onepage&q=The%20Rise%20of%20Reptiles:%20320%20Million%20Years%20of%20Evolution&f=false">lire en ligne</a>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rft.genre=book&rft.btitle=The+Rise+of+Reptiles%3A+320+Million+Years+of+Evolution&rft.pub=JHU+Press&rft.aulast=Sues&rft.aufirst=Hans-Dieter&rft.date=2019-08-06&rft.isbn=978-1-4214-2868-0&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-59"><a href="#cite_ref-59">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Christopher A. Brochu et Colin D. Sumrall, « <cite style="font-style:normal" lang="en">Phylogenetic nomenclature and paleontology</cite> », Journal of Paleontology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 75, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 4,‎ <time class="nowrap" datetime="2001-07" data-sort-value="2001-07">juillet 2001</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 754–757 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0022-3360">0022-3360</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1937-2337">1937-2337</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1666/0022-3360%282001%29075%3C0754%3APNAP%3E2.0.CO%3B2">10.1666/0022-3360(2001)075<0754:PNAP>2.0.CO;2</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.cambridge.org/core/journals/journal-of-paleontology/article/abs/phylogenetic-nomenclature-and-paleontology/24D73659DB8AB09249CDDF4F6ED856D1">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-17" data-sort-value="2024-11-17">17 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Phylogenetic+nomenclature+and+paleontology&rft.jtitle=Journal+of+Paleontology&rft.issue=4&rft.aulast=Brochu&rft.aufirst=Christopher+A.&rft.au=Sumrall%2C+Colin+D.&rft.date=2001-07&rft.volume=75&rft.pages=754%E2%80%93757&rft.issn=0022-3360&rft_id=info%3Adoi%2F10.1666%2F0022-3360%282001%29075%3C0754%3APNAP%3E2.0.CO%3B2&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-60"><a href="#cite_ref-60">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Daniel Madzia, Victoria M. Arbour, Clint A. Boyd et Andrew A. Farke, « <cite style="font-style:normal" lang="en">The phylogenetic nomenclature of ornithischian dinosaurs</cite> », PeerJ, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 9,‎ <time class="nowrap" datetime="2021-12-09" data-sort-value="2021-12-09">9 décembre 2021</time>, e12362 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/2167-8359">2167-8359</a>, <a href="PubMed" title="PubMed">PMID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/34966571">34966571</a>, <a href="PubMed_Central" title="PubMed Central">PMCID</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8667728">PMC8667728</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.7717/peerj.12362">10.7717/peerj.12362</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://peerj.com/articles/12362/">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-17" data-sort-value="2024-11-17">17 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+phylogenetic+nomenclature+of+ornithischian+dinosaurs&rft.jtitle=PeerJ&rft.aulast=Madzia&rft.aufirst=Daniel&rft.au=Arbour%2C+Victoria+M.&rft.au=Boyd%2C+Clint+A.&rft.au=Farke%2C+Andrew+A.&rft.date=2021-12-09&rft.volume=9&rft.pages=e12362&rft.issn=2167-8359&rft_id=info%3Adoi%2F10.7717%2Fpeerj.12362&rft_id=info%3Apmid%2F34966571&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-61"><a href="#cite_ref-61">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Philip D. Cantino, James A. Doyle, Sean W. Graham et Walter S. Judd, « <cite style="font-style:normal" lang="en">Towards a phylogenetic nomenclature of Tracheophyta</cite> », TAXON, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 56, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 3,‎ <time class="nowrap" datetime="2007-08" data-sort-value="2007-08">août 2007</time> (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/0040-0262">0040-0262</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1996-8175">1996-8175</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1002/tax.563001">10.1002/tax.563001</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/tax.563001">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-17" data-sort-value="2024-11-17">17 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Towards+a+phylogenetic+nomenclature+of+Tracheophyta&rft.jtitle=TAXON&rft.issue=3&rft.aulast=Cantino&rft.aufirst=Philip+D.&rft.au=Doyle%2C+James+A.&rft.au=Graham%2C+Sean+W.&rft.au=Judd%2C+Walter+S.&rft.date=2007-08&rft.volume=56&rft.issn=0040-0262&rft_id=info%3Adoi%2F10.1002%2Ftax.563001&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-62"><a href="#cite_ref-62">↑</a> <abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> Nico Cellinese, David A. Baum et Brent D. Mishler, « <cite style="font-style:normal" lang="en">Species and Phylogenetic Nomenclature</cite> », Systematic Biology, <abbr class="abbr" title="volume">vol.</abbr> 61, <abbr class="abbr" title="numéro">no</abbr> 5,‎ <time class="nowrap" datetime="2012-10-01" data-sort-value="2012-10-01"><abbr class="abbr" title="premier">1er</abbr> octobre 2012</time>, <abbr class="abbr" title="pages">p.</abbr> 885–891 (<a href="International_Standard_Serial_Number" title="International Standard Serial Number">ISSN</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1076-836X">1076-836X</a> et <a rel="nofollow" class="external text" href="https://portal.issn.org/resource/issn/1063-5157">1063-5157</a>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">DOI</a> <a rel="nofollow" class="external text" href="https://dx.doi.org/10.1093/sysbio/sys035">10.1093/sysbio/sys035</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://academic.oup.com/sysbio/article/61/5/885/1735952">lire en ligne</a>, consulté le <time class="nowrap" datetime="2024-11-17" data-sort-value="2024-11-17">17 novembre 2024</time>)<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Species+and+Phylogenetic+Nomenclature&rft.jtitle=Systematic+Biology&rft.issue=5&rft.aulast=Cellinese&rft.aufirst=Nico&rft.au=Baum%2C+David+A.&rft.au=Mishler%2C+Brent+D.&rft.date=2012-10-01&rft.volume=61&rft.pages=885%E2%80%93891&rft.issn=1076-836X&rft_id=info%3Adoi%2F10.1093%2Fsysbio%2Fsys035&rfr_id=info%3Asid%2Ffr.wikipedia.org%3AClassification+phylog%C3%A9n%C3%A9tique">

</li>

<li id="cite_note-63"><a href="#cite_ref-63">↑</a> Jean-Jacques Dubois, 1980, « L’évolution des paysages forestiers de la région du Nord : l’intérêt de l’analyse régressive des paysages ». Hommes et Terres du Nord, 1980-3, p. 27-63.

</li>

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<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Voir_aussi">Voir aussi</h2></div>

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Articles_connexes">Articles connexes</h3></div>

<ul><li><a href="Phylog%C3%A9nie" title="Phylogénie">Phylogénie</a></li>

<li><a href="Classification_classique" title="Classification classique">Classification classique</a></li>

<li><a href="Arbre_phylog%C3%A9n%C3%A9tique" title="Arbre phylogénétique">Arbre phylogénétique</a></li>

<li><a href="Th%C3%A9orie_synth%C3%A9tique_de_l'%C3%A9volution" title="Théorie synthétique de l'évolution">Théorie synthétique de l'évolution</a></li>

<li><a href="Caract%C3%A8re_ancestral_et_caract%C3%A8re_d%C3%A9riv%C3%A9" title="Caractère ancestral et caractère dérivé">Caractère ancestral et caractère dérivé</a></li>

<li><a href="Classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique_de_Guillaume_Lecointre_et_Herv%C3%A9_Le_Guyader" class="mw-redirect" title="Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader">Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader</a></li>

<li><a href="Le_vivant_(classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique)" class="mw-redirect" title="Le vivant (classification phylogénétique)">Le vivant (classification phylogénétique)</a>

<ul><li><a href="Mammalia_(classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique)" title="Mammalia (classification phylogénétique)">Mammalia (classification phylogénétique)</a>

<ul><li><a href="Primates_(classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique)" title="Primates (classification phylogénétique)">Primates (classification phylogénétique)</a></li></ul></li></ul></li>

<li><a href="Photo-guide_taxinomique_du_monde_animal" class="mw-redirect" title="Photo-guide taxinomique du monde animal">Photo-guide taxinomique du monde animal</a></li>

<li><a href="Photo-guide_taxinomique_du_monde_v%C3%A9g%C3%A9tal" class="mw-redirect" title="Photo-guide taxinomique du monde végétal">Photo-guide taxinomique du monde végétal</a></li>

<li><a href="International_Society_for_Phylogenetic_Nomenclature" title="International Society for Phylogenetic Nomenclature">International Society for Phylogenetic Nomenclature</a></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading3"><h3 id="Liens_externes">Liens externes</h3></div>

<ul><li><abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.mobot.org/MOBOT/Research/APweb/welcome.html">Accueil de l'Angiosperm Phylogeny Group</a></li>

<li>« <a rel="nofollow" class="external text" href="http://kimura.univ-montp2.fr/arbredelavie/"><cite style="font-style:normal; color:var(--color-link-red, #d73333);">Arbre de la vie</cite></a> »(<a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/*/http://kimura.univ-montp2.fr/arbredelavie/">Archive.org</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.wikiwix.com/cache/?url=http://kimura.univ-montp2.fr/arbredelavie/">Wikiwix</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.is/http://kimura.univ-montp2.fr/arbredelavie/">Archive.is</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://webcache.googleusercontent.com/search?hl=fr&q=cache:http://kimura.univ-montp2.fr/arbredelavie/">Google</a> • Que faire ?)</li>

<li><abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.treebase.org/">Treebase</a></li>

<li><abbr class="abbr indicateur-langue" title="Langue : anglais">(en)</abbr> <a rel="nofollow" class="external text" href="http://tolweb.org/tree/phylogeny.html">Projet Tree of Life</a></li>

<li>« <a rel="nofollow" class="external text" href="http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf"><cite style="font-style:normal; color:var(--color-link-red, #d73333);">Méthodes de classification phylogénétique</cite></a> »(<a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/*/http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf">Archive.org</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.wikiwix.com/cache/?url=http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf">Wikiwix</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.is/http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf">Archive.is</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://webcache.googleusercontent.com/search?hl=fr&q=cache:http://perezyvan.free.fr/Gabriel_Neve/PDFcours2006/TP2_2006.pdf">Google</a> • Que faire ?), sur perezyvan.free.fr</li>

<li>« <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.aquaportail.com/definition-1801-phylogenetique.html"><cite style="font-style:normal;">Définition philogénétique</cite></a> », sur aquaportail.com (consulté le <time class="nowrap" datetime="2021-11-01" data-sort-value="2021-11-01"><abbr class="abbr" title="premier">1er</abbr> novembre 2021</time>)</li>

<li>« <a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.phylogenie.net/theorie_des_chaines_3.pdf"><cite style="font-style:normal; color:var(--color-link-red, #d73333);">Théorie des chaînes</cite></a> »(<a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/*/http://www.phylogenie.net/theorie_des_chaines_3.pdf">Archive.org</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.wikiwix.com/cache/?url=http://www.phylogenie.net/theorie_des_chaines_3.pdf">Wikiwix</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://archive.is/http://www.phylogenie.net/theorie_des_chaines_3.pdf">Archive.is</a> • <a rel="nofollow" class="external text" href="https://webcache.googleusercontent.com/search?hl=fr&q=cache:http://www.phylogenie.net/theorie_des_chaines_3.pdf">Google</a> • Que faire ?), sur phylogenie.net</li>

<li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://inpn.mnhn.fr/espece/arbre">arbre taxonomique</a> du <a href="Mus%C3%A9um_national_d'Histoire_naturelle" class="mw-redirect" title="Muséum national d'Histoire naturelle">Muséum national d'Histoire naturelle</a></li></ul>

</div>

<ul id="bandeau-portail" class="bandeau-portail"><li> Portail de l'origine et de l'évolution du vivant </li> <li> Portail de la biologie </li> </ul></div><div><div class="zim-footer">

Cet article est issu de <a class="external text" title="Dernière modification le 2025-06-08" href="https://fr.wikipedia.org/wiki/?title=Classification_phylog%C3%A9n%C3%A9tique&oldid=226335073">Wikipédia</a>. Sauf mention contraire, le texte est disponible sous <a class="external text" href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.fr">Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0</a>. Des conditions supplémentaires peuvent s’appliquer aux fichiers multimédias.

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</main>

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